A criação de uma Associação EuroDefense em Portugal foi um desafio lançado em março de 1997 quando a CEOE – Confederacion Española de las Organizaciones Empresariales – sugeriu à AIP, através do seu Presidente Jorge Rocha de Matos, que protagonizasse este projeto em Portugal, à semelhança de iniciativa idêntica que a CEOE assumira em Espanha.
Chamar a atenção dos Países Europeus para a necessidade de assumirem maiores responsabilidades na sua defesa era o objetivo subjacente às Associações EuroDefense já então constituídas na Alemanha, Bélgica, Espanha, França, Holanda e Itália. Tinham sido criadas na sequência da queda do muro de Berlim e o fim da Guerra Fria.
A compreensão da importância desta profunda mudança estratégica implicava novas orientações estratégicas a nível nacional: por um lado, era necessário que o País se inserisse desde o início na construção de uma Europa mais autónoma em matéria de politica externa e de capacidades de defesa, embora mantendo o laço transatlântico; por outro lado, procurar que o sector tecnológico e industrial nacional não só pudesse vir a integrar a base tecnológica e industrial de defesa europeia, como beneficiar do potencial de desenvolvimento em matéria de inovação decorrente deste relacionamento.
Foi esta perceção que induziu o Comendador Jorge Rocha de Matos a contactar o Ministro da Defesa Nacional que acolheu a ideia com muito interesse e sugeriu o estabelecimento de uma parceria com o IDN, para em conjunto criarem o Centro de Estudos EuroDefense-Portugal.
O Tenente-General Eduardo Mateus da Silva e o Major-General Mário Lemos Pires foram os delegados da AIP e do IDN para os estudos prévios, tendo nessa qualidade participado na III Reunião das Associações EuroDefense, realizada em Madrid,entre 29 e 31 de maio de 1997, na qual Portugal foi aceite como novo membro.

Em 12 de fevereiro de 1998 foi formalmente assinado o Protocolo fundador do EuroDefense-Portugal pelos seus instituidores, o IDN representado pelo seu Diretor, Professor Doutor Nuno Severiano Teixeira, e a AIP representada pelo Presidente do Conselho Geral, Comendador Jorge Rocha de Matos, tendo sido homologado pelo Ministro da Defesa Nacional, Professor Doutor José Veiga Simão, e pelo Ministro da Economia, Dr. Joaquim Pina Moura.
Posteriormente, tomaram posse os primeiros Corpos Sociais do EuroDefense-Portugal, cuja direção foi presidida pelo Dr. António Vitorino, antigo Ministro da Defesa Nacional, sendo Vice-Presidente o Tenente-General Eduardo Mateus da Silva e Secretário-Geral o Major-General Mário Lemos Pires. O Conselho Geral era composto pelos seguintes membros: Tenente-General Abel Cabral Couto, Eng. António Alfaiate, Eng. António Barahona de Almeida, Dr. António Barbosa da Silva, Professor Doutor Fernando Carvalho Rodrigues, Embaixador Luís Gaspar da Silva e Professora Doutora Maria Carrilho.

Em 14 de julho de 1999 o Dr. António Vitorino pediu a sua exoneração do cargo por ter sido designado Comissário Europeu, ficando Vice-Presidente o Tenente-General Mateus da Silva a desempenhar interinamente as funções de Presidente.

O Protocolo de Cooperação foi revisto em 2001 incluindo, como alteração mais significativa, a composição do grupo de instituidores que foi alargado para além dos dois fundadores até a um máximo de mais quatro instituidores, tendo sido igualmente alterada a composição do Conselho Geral, cujo número de vogais foi aumentado para garantir a representação direta dos novos instituidores no Conselho.
Na sequência da revisão do Protocolo, em 22 de março de 2002 tomaram posse novos corpos sociais, sendo a Direção presidida pelo Tenente-General Mateus da Silva e tendo como Vice-Presidente a Dra. Maria Perpétua Rocha e Secretário-Geral o Major-General Mário Lemos Pires. O Dr. João Salgueiro foi empossado como Presidente do Conselho Geral.

Em 23 de setembro de 2005 iniciou-se um novo mandato. A Direção passou a ter como Presidente o Dr. António Figueiredo Lopes, antigo Ministro da Defesa Nacional e da Administração Interna, como Vice-Presidente o Major-General Mário Lemos Pires e como Secretário-Geral o Contra-Almirante José Alves Correia. O Conselho Geral, que continuou a ser presidido pelo Dr. João Salgueiro, passou a ter como Vice-Presidente o Tenente-General Abel Cabral Couto e como Vogais a Dra. Maria Perpétua Rocha, o Dr. António Barbosa da Silva, o Dr. José Manuel Mourato, o Comendador Henrique Neto e o Tenente-General Eduardo Mateus da Silva.

Em 11 de fevereiro de 2008 foi renovado o mandato dos órgãos mantendo-se a mesma composição do anterior mandato. A seu pedido, o Major-General Mário Lemos Pires, foi substituído nas funções de Vice-Presidente pelo Major-General Augusto Melo Correia, tendo sido empossado em novembro de 2008.

Em janeiro de 2011, o Contra-Almirante José Alves Correia foi substituído, a seu pedido, nas funções de Secretário-Geral pelo Coronel Miguel Fradique da Silva, mantendo-se os restantes membros da Direção e do Conselho Geral.

A partir de 6 de maio de 2014, por aditamento ao protocolo de Cooperação, o IDN passou a assegurar as funções de contabilidade e tesouraria até então exercidas pela AIP, e as instalações do EuroDefense-Portugal foram transferidas do edifício sede da AIP para um espaço cedido pelo MDN no Palácio Bensaúde.

Em 19 de outubro de 2015 O Centro de Estudos EuroDefense-Portugal adquiriu o estatuto de pessoa coletiva de direito privado sem fins lucrativos, com a designação de Associação de Estudos de Segurança e Defesa Europeia – EuroDefense-Portugal.

No dia 20 de junho de 2016 realizou-se a primeira reunião do Conselho Geral da Associação de Estudos de Segurança e Defesa Europeia – EuroDefense-Portugal, onde foram eleitos os órgãos socais com a seguinte composição:

Mesa do Conselho Geral

Presidente – Dr. João Salgueiro

Vice-presidente – Tenente-General António Fontes Ramos

Secretario – Engenheiro Carlos Vilaça Milheiro

Conselho Consultivo

Presidente – General José Lemos Ferreira

Vice-presidente – Embaixador José Gregório Faria

Direção

Presidente – Dr. António Figueiredo Lopes

Vice-presidente – Major-General Augusto Melo Correia

Secretário-Geral – Coronel Miguel Fradique da Silva

Vogal – Dr. Eduardo Mascarenhas

Vogal – Coronel António Rosas Leitão

Conselho Fiscal

Presidente – Tenente-General Eduardo Mateus da Silva

Vogal – 1SAR Dr. Valter Cláudio

Vogal – Dra. Sofia Geraldes